Στην περιοχή του δήμου Παρανεστίου υπάρχουν δύο σημαντικές περιοχές για την προστασία της φύσης η Ελατιά και το δάσος του Φρακτού στην οποία βρίσκεται ένα από τα σημαντικότερα δασικά οικοσυστήματα της χώρας μας, το Παρθένο Δάσος Κεντρικής Ροδόπης.
Σημαντικά είδη της χλωρίδας απαντώνται στην ευρύτερη δασική περιοχή του δήμου Παρανεστίου, και ιδιαίτερα στις προστατευόμενες περιοχές.
Στο δάσος Φρακτού και στο Παρθένο δάσος της Ροδόπης το Lathraea rhodopea που χαρακτηρίζεται σπάνιο στο Κόκκινο βιβλίο των σπάνιων και απειλούμενων φυτών της Ελλάδας και το Lilium rhodopaeum που χαρακτηρίζεται τρωτό.